En el Departamento de Parasitología se lleva a cabo el diagnóstico de las principales enfermedades parasitarias que afectan al sector avícola, entre las que destaca la coccidiosis.
Por otra parte se ha organizado una red integrada de Laboratorios de Diagnóstico de Triquina de la Comunidad Valenciana, actuando CECAV como laboratorio central y las unidades analíticas de los mataderos de porcino y equino como laboratorios satélites.
