El centro se divide en 6 áreas: Administración, Comercial, Calidad, Laboratorio, Formación y Proyectos. A su vez, el Área de Laboratorio cuenta con 3 unidades: Sanidad Animal, Alimentación Animal y Seguridad Alimentaria.
El centro está dotado de dependencias complementarias: Vestuarios, Comedor, Biblioteca, Almacenes y un Salón de Actos dividido en dos áreas, una destinada a comités técnicos y otra para grandes eventos y conferencias.
Consta de los siguientes departamentos, dotados de la tecnología más avanzada al servicio del sector: Microbiología, Serología, Biología Molecular, Necropsias, Anatomía Patológica, Parasitología, Química, Unidades Analíticas de Mataderos de Porcino, Contabilidad y Facturación. El laboratorio cuenta con equipos de alta tecnología, como PCR Real Time, Separación Inmunomagnética y Detección Electroquímica, Espectroscopía de Plasma ICP-OES y cabinas de bioseguridad II y III.