En el Departamento de Química se realiza el control de piensos y materias primas, muestras de sanidad animal y aguas. 
Se llevan a cabo análisis de componentes generales, análisis elemental o micotoxinas, para piensos y materias primas y muestras de sanidad animal, y parámetros organolépticos, físico-químicos, sustancias no deseables o tóxicas para los análisis de aguas. También se ofrece el servicio de estudios de homogeidad y calibración de equipos de medida.
Algunas de las técnicas utilizadas para la realización de estos ensayos son las gravimetrías, volumetrías, espectrometría de emisión ICP-OES, ELISA o espectrofotometría UV-Vis.
